La Centrale dispone di un sistema di raffreddamento in ciclo aperto con acqua di mare, prelevata nella rada di Vado Ligure a circa 400 m dalla linea di riva e scaricata nuovamente a mare in corrispondenza della foce del Torrente Quiliano. L’acqua prelevata, a meno delle perdite per evaporazione, è interamente scaricata a mare e non subisce alterazioni chimiche. La temperatura delle acque di scarico sono monitorate in continuo immediatamente a monte rispetto al punto di scarico secondo la norma di legge.

Gli scarichi sono soggetti a analisi frequenti e periodiche sia interne che esterne da laboratori terzi accreditati secondo la UNI EN ISO 17025. Sono presenti sistemi di monitoraggio in continuo che vengono controllati in tempo reale presso le Sale manovra della Centrale.